De 1521 à 1571, 1'Inquisition mexicaine a revêtu la forme d'une Inquisition apostolique qui se caractérise par la toute-puissance que la métropole déléguait à l'inquisiteur apostolique. L'Inquisition apostolique offre un visage à la fois nouveau et traditionnel. L'aspect nouveau réside dans la confrontation de l'Indien au catholicisme. L'aspect traditionnel apparaît dans la poursuite de l'hérésie dans la colonie.