Jean Alaux fut nommé à Rome en 1847 pour succéder à Jean-Victor Schnetz. Son action sur place fut davantage de l'ordre du courage puisque, durant son mandat, il connut la chute du régime monarchique, la révolution de 1848 et la naissance de la IIe République, une épidémie de choléra et l'occupation de Rome par les troupes garibaldiennes, ce qui le contraignit à se replier à Florence. Il réussit à faire face à cette série de cataclysmes et à sauver un établissement dont personne ne se préoccupait, ni à Paris ni à Rome.