La structure métaphysique dans ses articulations diverses — intuitions idéelles, méthodes, schèmes, etc. — est un concept théorique issu de la réflexion sur l’œuvre philosophique en général, et plus particulièrement sur la notion de système. Entité idéelle dégagée après coup par l’historien-philosophe, la structure métaphysique rassemble en elle les fondements — intuitifs, cognitifs, existentiels — d’une pensée, et permet ainsi d’en exprimer les lignes essentielles. Une fois formulée, une structure métaphysique constitue un instrument entre les mains de l’historien-philosophe, et cela dans deux directions différentes. D’une part, dans le sens d’une meilleure compréhension de la relation entre un système philosophique et ce qu’il cherche à exprimer, compte tenu de la mise en évidence des éléments idéels dont dispose le philosophe et qu’il emploie effectivement : ce qui revient à dire qu’il est d’un plus grand « intérêt » philosophique d’étudier une pensée philosophique sous l’aspect de sa structure. D’autre part, dans le sens d’une étude comparée des œuvres philosophiques : le recours aux structures métaphysiques permet d’ordonner, de classer, d’inventorier, bref de référer l’ensemble du corpus philosophique à ces attitudes idéelles diverses par rapport à ce qui est, compte tenu de la diversification permanente du contexte socio-culturel. Le plotinisme sert ici d’illustration. Des intuitions idéelles, telles que l’unité de l’être, son émanation, son ordonnance hiérarchique, la spécificité de la gnoséologie, des schèmes d’épanchement et de lumière, la psychologie comme discipline privilégiée, un mode de vie ascétique et amoral, voilà les lignes essentielles de la structure métaphysique qui se dégage des textes plotiniens, et que l’on retrouve par la suite dans la tradition plotinienne, dans ses manifestations diverses.