«?En France je n’ai pas entendu parler d’un seul zoologiste, à l’exception de M. Gaudry (encore ne le fait-il que partiellement) qui défende mes idées. » C’est ce qu’affirme Charles Darwin en 1870.
Ce zoologiste-là est un paléontologue, aide-naturaliste au laboratoire de paléontologie du Muséum d’histoire naturelle. C’est à partir de sa lecture en 1863 de L’Origine des espèces et de la théorie de la descendance avec modification, qu’Albert Gaudry (1827-1908) oriente sa recherche en direction de la reconstitution des filiations. Il se justifie ainsi : avant l’élucidation des causes de la modification, la paléontologie a d’abord à reconstituer la descendance au travers de l’étude des modifications. Gaudry est le premier dans l’histoire à dessiner des arbres évolutifs reliant espèces éteintes et espèces actuelles en suivant le modèle darwinien.
La science française en général et celle du Muséum en particulier ne sont alors pas darwiniennes et pourtant dans un contexte plutôt hostile, nommé en 1872 professeur de paléontologie au Muséum, Gaudry enseigne l’évolution et conçoit l’actuelle galerie de paléontologie du Muséum, la première à illustrer les transformations des êtres vivants. Si le Muséum, à l’inverse de la Sorbonne, du Collège de France, de l’Institut Pasteur, n’est pas passé à côté de Darwin il le doit entièrement au seul Albert Gaudry. Très isolé à ses débuts, celui-ci terminera sa carrière couvert d’honneurs et président de l’Académie des sciences. Sans doute en raison de son spiritualisme et de sa relative défiance vis-à-vis de l’omnipotence de la sélection naturelle, il restera dans les marges de l’histoire des sciences.
Cependant, paradoxalement, il a mieux compris la notion de filiation que la plupart de ses contemporains et même, aussi étonnant que cela puisse paraître, des néodarwiniens du XXe siècle.