1947, quatorze ans après la victoire de Kong, Manhattan a été évacuée et l’île est désormais une zone interdite, surveillée par la Kong Crew, une escadrille de pilotes parmi lesquels nous rencontrons le jeune et impétueux Virgil ! Alors qu’un scientifique et un journaliste entrent dans Manhattan, illégalement, la Kong Crew est dépêchée sur place pour tenter de retrouver les deux intrus…