Dans la métropole futuriste de Neo Saitama, les batailles font rage entre les différents clans de ninjas, avides de nouveaux territoires. Au coeur de ces affrontements spectaculaires apparaît un homme mystérieux, qui n'a qu'un seul objectif : éradiquer tous les ninjas sur son chemin, à commencer par ceux du puissant Sôkai Syndicate... La légende de Ninja Slayer est en marche...