Au milieu du XIXe siècle, le Japon traverse une période de grands troubles. Emportée par l'épidémie de choléra qui ravage le pays, une mère laisse ses deux jeunes garçons orphelins. Shotaro, 14 ans, et Gentaro, 10 ans, décident de devenir samouraïs comme leur défunt père et se mettent en quête d'un maître pour apprendre à manier le sabre. Ils devront affronter de multiples dangers pour rester en vie...