Comme sur un nuage décrit le quotidien lumineux d'adolescents qui, entre rumeurs, confiance en soi et sentiments, grandissent sous le regard bienveillant de leurs auteurs.
Dai Noshiro, adolescent de 17 ans, vient tout juste de changer de lycée. Plutôt jovial et ouvert, il n'a aucun mal à s'intégrer dans ce nouvel environnement. Mais très vite, il remarque que dans sa nouvelle classe, un élève est mis de côté : un certain Kô Sanada. La rumeur raconte en effffet qu'il est gay et personne n'ose l'approcher. Mais Noshiro, refusant l'injustice, décide d'essayer d'en faire son ami...