L’épistémologie classique, celle du XXe siècle, s’est essentiellement occupée de physique. Dominique Bourg et Nicolas Bouleau proposent en revanche de distinguer trois types de sciences grâce à un critère précis pour chacune, compréhensible par tous : la science nomologique, à savoir la physique avec ses différentes échelles ; la science interprétative, celle qui se construit et s’enrichit par modélisations d’un secteur de la réalité ; et la science combinatoire, à savoir la chimie et la biologie moléculaire. Les mathématiques joueront un rôle décisif dans cette tripartition. La réponse à la question « qu’est-ce que la connaissance scientifique ? » nous conduira ensuite à mettre en lumière une intrication fondamentale et insurmontable entre connaissance et ignorance. Celle-ci a été dévoilée au sujet de l’arithmétique au début des années 1930. Les auteurs révèlent l'existence de cette même intrication dans la biologie moléculaire. Bien que fondées et opératoires, nos connaissances n’en sont pas moins partielles, et ce à jamais. Ce constat permet d’éclairer l’état écologique de la planète. Ce faisant, leur réflexion conduit leurs pas dans ceux de quelques mathématiciens autour d'Alexandre Grothendieck au début des années 70, qui ont été les premiers à tirer certaines des conséquences des limites à nos connaissances.