Dans la célèbre ville de Quarkcity où les atomes se voient réunis, le cycle nucléaire laisse apparaître une nouvelle génération d’atomes très prometteuse. Oxygène, fraîchement arrivé en ville, ne désire qu’une seule chose : découvrir son monde. Pour cela, il se lance, avec bien d’autres camarades hauts en couleurs, à la conquête du système scolaire de la métropole. Toutefois, tout n’est pas si rose à Quarkcity et un mal ressurgit du passé pour frapper la société atomique tout entière. Involontairement mêlés à ce fléau, Oxygène et ses amis partent en quête de réponses, sans imaginer les dangers qui les attendent. Comment ces êtres infiniment petits, vont-ils parvenir à élucider les sombres mystères que recèle leur ville ?