Uryû a enfin retrouvé son corps et la vie reprend son cours... Sur les conseils de Mahiru, il s’inscrit à des cours du soir pour maximiser ses chances de réussite à l’examen d’entrée de l’université de Kyôto. Au sein de cette formation, il retrouve par hasard Shirahi, une ancienne pensionnaire du centre Kiseki. La jeune fille, amoureuse de lui depuis toujours, est immédiatement charmée par ces retrouvailles inattendues mais elle déchante rapidement en découvrant la nouvelle vie d’Uryû aux côtés des sœurs Amagami...