Ami de Jules Massenet, de Camille Saint-Saëns et de Théodore Dubois, Charles Lenepveu a laissé des œuvres élégantes et traditionnelles qui touchent à tous les genres de l’art musical. Il s’est surtout fait connaître comme auteur de musique religieuse et comme dramaturge lyrique. Parmi les œuvres religieuses les plus remarquées, on citera son Requiem – reconnu comme étant l’une des plus belles messes de mort de l’École française du xixe siècle – ainsi que l’oratorio Jeanne d’Arc, avec comme fragments fréquemment entendus dans les concerts La Marche du Sacre de Jeanne d’Arc et La Marche Funèbre de Jeanne d’Arc, dont le musicologue Amédée Boutarel indiquait qu’elle était « pleine d’élévation et d’un sentiment religieux profondément ressenti ».
Membre de l’Institut et professeur au Conservatoire de Paris, Charles Lenepveu a été un pédagogue hors pair : plus de trente de ses élèves – tels André Caplet, Paul Paray, Paul Pierné, Philippe Gaubert, Max d’Ollone, Bernard Crocé-Spinelli – ont obtenu une distinction au prix de Rome. Il a également lancé de nombreuses musiciennes, dont Henriette Renié et Edwige Chrétien, ainsi que des compositeurs aveugles, notamment Émile Trépard et Joséphine Boulay.