Face à la naissance du protestantisme au xvie siècle, l’Église catholique a développé deux stratégies : la lutte contre la Réforme ; la transformation du catholicisme. Une institution semble résumer ces deux politiques : la Compagnie de Jésus, qui mène des missions contre les protestants, participe à des controverses, créé des collèges pour former l’élite catholique... Mais placer « protestants » et « jésuites » dans un affrontement systématique est un des a priori de l’historiographie qui a été mis en place dès le xvie siècle. Mais, bien qu’elle ait été régulièrement reprise et développée, cette opposition est en grande partie fausse, et d’abord parce que l’objectif premier de la Compagnie de Jésus n’est pas la lutte contre le protestantisme, mais la rénovation de l’Église grâce à une nouvelle spiritualité, une spiritualité d’ailleurs en partie commune à Luther et aux réformateurs protestants, ce que les historiens et les théologiens redécouvrent depuis quelques dizaines d’années