À la fin du XVIe siècle, dans la ville de Bar-le-Duc, le célèbre Transi de Ligier Richier est retrouvé profané : son coeur de pierre a été remplacé par une bourse de pièces et une étrange citation latine. Peu après, un élève du collège Gilles de Trèves est découvert mort, une rose noire en main. Chargé discrètement d'enquêter, Michel de Montaigne, en route vers l'Italie, s'allie à un jeune humaniste local. Ensemble, ils dévoilent les secrets d'un cercle d'étudiants, d'un moine fanatique et d'une oeuvre d'art qui cache un message philosophique redoutable. Entre foi, savoir et fanatisme, Le Secret du Transi explore la frontière entre lumière de la Renaissance et ombres de l'obscurantisme.