La bataille finale des humains contre les Chymer est arrivée.

Une opération de reconquête à grande échelle des zones envahies par les monstres a finalement été lancée, menée par le bureau gouvernemental et ses « sorcières » hybrides. Kisaragi et les autres visent à atteindre leur emplacement cible via une voie navigable souterraine, mais ils tombent sur Owai, un kaijû particulièrement redoutable qui dévore les monstres qui nichent sous terre, s’appropriant ainsi leurs pouvoirs...