Malachie, né en 1094, s'initia à la vie religieuse auprès d'un grand ascète irlandais, Imar et, parvenu à l'âge adulte, commença une carrière ecclésiastique dans le diocèse d'Armagh. A peine ordonné prêtre, il en devint le vicaire général et commença à réformer avec énergie le clergé local. Comme il était d'usage à cette époque en Irlande, les structures monastiques étaient prépondérantes dans la vie de l'Eglise. Malachie alla vivre deux ans à l'abbaye de Lismore, sous la direction de l'abbé Malchus.<

Vers 1123 il reconstruisit l'abbaye de Bangor et en devint l'abbé, tout en exerçant les fonctions épiscopales dans la région de Down et de Conor. En 1132 il succéda à l'évêque d'Armagh et partit à Rome afin de demander pour le diocèse d'Armagh le titre d'archevêque. Il s'arrêta à Clairvaux où une amitié profonde le lia très vite à Saint Bernard. A Rome il n'obtint pas gain de cause, mais le Pape le nomma légat pontifical pour l'Irlande. Ayant par la suite, demandé au Pape l’autorisation d’entrer à Clairvaux, celle-ci lui fut refusée. En revanche Saint Malachie y envoya plusieurs jeunes moines qui fondèrent ensuite en Irlande le monastère cistercien de Mellifont. Repassant par Clairvaux, en 1148, il y mourut, dans les bras de St Bernard. L'abbé de Clairvaux rédigea lui-même une « Vie de Saint Malachie ». Les deux saints reposèrent dans deux tombeaux côte à côte dans le sanctuaire de l'Eglise abbatiale de Clairvaux, reconstruite à partir de 1147. Jusqu'à la Révolution, les pèlerins furent nombreux à aller à Clairvaux, vénérer les reliques des Saints Bernard et Malachie. Lors de la destruction de l'abbatiale vers 1820, les ossements des deux saints furent rassemblés dans un seul reliquaire, qui trouva refuge dans l'église de Ville-sous-La-Ferté, non loin de l'abbaye. Au XVIème siècle, on lui attribua, sans aucun fondement, une prophétie qui désignait les papes par des formules sybillines. Ce texte, connu sous le nom de « prophétie de Malachie », fait encore la Une des journaux à chaque élection d'un nouveau pontife romain.