Quand les élèves de sixième A se rendent à l'Institut Trafalmagore pour visiter le laboratoire du Dr Germe, ils rencontrent un drôle de personnage, M. Microbe, qui va leur révéler bien des secrets sur la vie des bactéries et sur celle des microbes en général. Qu'est-ce qu'un microbe ? Qu'est-ce qu'un virus ? Une bactérie ? Champignons, levures protistes, c'est quoi tout ça ? Les microbes sont-ils bons ou mauvais ?