Après les « bureaux arabes » dont l’action fut si mal comprise, il publie des livres consacrés à l’implantation de la franc-maçonnerie en Algérie, à l’histoire de la colonisation et de la décolonisation, en esprit libre, sans engagement politique, maçonnique ou autre. « De Gaulle et le F.L.N. » éclaire les années primordiales de la décolonisation. Xavier Yacono y démontre avec rigueur le mécanisme politique générateur de tant de drames et dresse un bilan des relations nouvelles entre la France et l’Algérie.